Conclusion de l'épisode final de la saison 8 (48 Heures), on y découvre enfin pourquoi Harry Kim, l'Etre Touché, intéresse donc tant les Sernaix. De leur côté, le Capitaine Janeway et son équipage livrent leur 1er combat contre les Sernaix à armes égales, à bord du nouveau Voyager-A. Leur but est aussi de délivrer Harry, retenu dans le vaisseau de l'Adimha Sycorax.

D'un côté, Janeway tente de comprendre pourquoi des milliers de vaisseaux Sernaix apparaissent autour de son nouveau vaisseau, et de l'autre, Chakotay essaye de faire connaissance avec son nouvel équipage à bord du Logan. Rien n'est facile, rien n'est évident. Le plus étrange reste encore sans aucun doute l'ombre de Spock dont les actions chez les Romuliens finissent par avoir des conséquences plus qu'heureuse pour le Voyager-A.

Dans cet épisode entièrement situé à bord du Logan, Chakotay doit gérer le comportement de plus en plus étrange du Capitaine Grant et de quelques uns de ses membres d'équipage. Il y parvient jusqu'à ce qu'un drame survienne, déclenchant une série d'événements qui aboutiront à un changement radical dans la vie du Commandeur, et pour les lecteurs à un suspens qui durera encore 2 épisodes...

A bord du Logan, la vie de Chakotay est en grand danger. Grant a décidé d'en finir avec la présence du Commandeur. La Fédération a décidé de lancer une contre-offensive contre les Sernaix installés dans le système de... Wolf 359, et pendant ce temps, à bord du Voyager, dans un calme relatif, Tom et B'Elanna découvrent petit à petit les pouvoirs de leur fille Miral.

Le Voyager recueille un mystérieux inconnu dans une nacelle de sauvetage, à la limite de la mort. Le sort de Chakotay est finalement déterminé aprè 3 épisodes de suspens. Et quand Thalia Barton, Premier Officier du vaisseau, décide de passer à l'acte, le Voyager refait face à son destin, solitaire, dans l'univers.

Toujours coiné dans le Quadrant Delta, le Voyager recueille à son bord un Borg, seule survivant d'une bataille entre cubes. Ranimé, il semble prêt à négocier une alliance avec Janeway. Il apprend à l'équipage ce que sont devenus les Borgs et la nouvelle guerre entre l'ancien Collectif et la Force Construstive, ainsi que toutes leurs dissensions internes. Janeway est bien décidée à favoviser une telle association. Mais les différences entre les Borgs et les autres feront-elles vraiment d'eux des amis ?

Après une nouvelle bataille gagnée de justesse contre les Sernaix, Ozymandias, l'Esprit de Vaisseau rebelle, offre d'aider B'Elanna à rendre utile la procédure de séparation du vaisseau. En échange, il y gagne la liberté de circuler dans tout le vaisseau. Mais quand il s'immisce un peu trop dans la vie privée des officiers, les choses se gattent pour lui. Pendant ce temps, Janeway et Chakotay doivent prendre des décisions personnelles quant à leur avenir et B'Elanna a de plus en plus de mal à gérer son travail et sa famille, d'autant plus que les pouvoirs de Miral se développent toujours...

Le Docteur doit faire face à 2 problèmes: un Docteur de son équipe qui remet son commandement en doute et une infirmière qui aurait plutôt tendance à n'importe lequel de ses ordres. Dur dur d'être un hologramme !

Icheb et T'Kara partent en exercice de survie dans la nature avec leur groupe de l'Académie. Mais le stage va tourner court suite à un accident. Mais était-ce vraiment un accident ? Pendant ce temps, les Romuliens et les Cardassiens tentent de doubler la Fédération et la Section 31 en concluant un accord séparé avec Sycorax. Mais c'est oublier combien les Sernaix peuvent être sadiques et tordus...

Icheb et T'Kara vont vivre une expérience personnelle des plus intenses et personnelles lorsque les instincts Vulcains de la demoiselle vont se réveiller...

Le Voyager échappe de peu à la mort grâce à l'intervention de vaisseaux dont les races ont formé une alliance obligée. Le Voyager, accompagné d'un des vieux ennemis de Janeway, part enquêter dans une petite zone du Quadrant Delta qui reste vierge de toute incursion de la part des Sernaix. Et pour cause, on y retrouve leur propre némésis, et espérons-le des alliés fidèles de Janeway...

La nouvelle Alliance de Janeway organise dans une atmosphère tendue une mission des plus risquées et des plus prometteuses: secourir les survivants d'une colonie Krenim détruite par les Sernaix, et récupérer sur cette colonie une arme secrète des Krenim qui pourrait bien donner l'avantage à l'Alliance contre les Sernaix. Chakotay, Seven et Ayala sont chargés de l'arme, tandis que Paris et Vorik prennent tous les risques pour secourir des gens qui, il n'y a pas si longtemps, auraient tout donner pour les tuer. Naturellement, quelque chose va mal tourner et l'épisode se finira dans l'angoisse la plus totale pour certaines personnes à bord du Voyager. A Suivre...

Conclusion du 1er double épisode de la saison. Le Voyager organise une mission de sauvetage sur la colonie détruite pour retrouver son officier disparu dans l'éboulement de cavernes tandis que ce dernier lutte contre ses blessures pour rester en vie. Un ingénieur Krenim le gardera en vie en lui racontant de bien étranges choses sur les Krenims et leur technologie. Pendant ce temps, Janeway a récupéré en secret l'arme de l'Alliance et découvre le terrible secret caché dans ses entrailles. Une guerre doit-elle être gagnée à n'importe quel prix, quelle que soit la honte qui puisse en découler ? Janeway doit prendre une décision.

Devant les difficultés de l'Alliance à combattre les Sernaix, Catherine Janeway veut inclure La Force du Constructif Borg d'Ankin Rotor dans l'Alliance, ce qui ne fait pas l'unanimité dans son équipage. De son côté, le Dirigeant Borg voit l'idée de rejoindre l'Alliance comme un moyen de réaliser plus facilement son plan machiavélique. Il utilise Seven of Nine malgré elle pour s'attaquer au coeur du Voyager pendant qu'il 'négocie' avec Janeway et l'Alliance. Le loup est dans la bergerie...

Pendant que Seven of Nine gît entre la vie et la mort dans l'infirmerie, Harry Kim tente de convaincre Chakotay qu'elle a été victime d'une attaque de Rotor. Découvrant qu'il a été percé à jour, Rotor capture Janeway et Seven et les utilise pour attirer le Voyager dans un piège. Entre temps, Chakotay et le Docteur se sont introduits incognito dans le cube et cherchent un moyen d'arrêter le Directeur du Constructif. Persuadé d'avoir la main haute, Rotor dévoile à Janeway le plan qu'il caresse pour le Voyager et tout l'Univers.

Sycorax a de plus en plus de mal à contrôler les mâles guerriers du Royaume Sernaix. Pour reasseoir son pouvoir, elle décide d'envahir l'espace Fluide. Mais l'Espèce 8472 ne réagit pas tout à fait comme prévu, envoyant Boothby pour une rencontre au sommet avec Catherine et l'Alliance du Quadrant Delta. Cette fois-ci, il semble que ce soit Sycorax qui ait commis sa plus grande erreur...

Harry recoit un étrange signal interne l'obligeant à aller jusqu\à sa source, sur une planète où il découvre Kes et la communauté Occampa reconstituée. Mais si Kes a lancé ce signal, c'était pour demander l'aide du Pourvoyeur et ses pouvoirs pour sauver son peuple. Est-ce qu'Harry peut lui fournir les siens ou existe-t-il une solution alternative qui arrangerait tout le monde ?

Les Sernaix perdent bataille sur bataille dans le Quadrant Delta contre la grande Alliance regroupant Devores, Krenims, Vidiiens, Kazons et maintenant l'Espece 8472 et les Ayreths. Meme chose dans le Quadrant Alpha où le Dominion et les Romuliens se sont ancrés avec la Fédération et les Klingons. De son côté, Sycorax tente de calmer les mâles de ses bandes et de sauvegarder sa place en doublant les gens de la Section 31 qui pensent pouvoir la duper... Mais le pourraient-ils vraiment ?

Il est temps pour une vieille amie de prendre la place d'une Sycorax totalement surpassée par ses bandes et d'arrêter définitivement les Sernaix. Pendant ce temps, Janeway découvre avec effroi l'ampleur du complot d'un ennemi intérieur. Mais dans l'ombre, c'est une menace mille fois plus grande qui guette, prête à fondre sur l'Univers.

Avec Sycorax capturée et les bandes Sernaix sous son contrô,le, Janeway monte un plan subtil pour démasquer les chefs de la Section 31 et apporter enfin la nouvelle d'une paix salvatrice à la Fédération. Pendant ce temps, dans l'ombre, la menace grandit toujours...

Janeway doit résoudre un problème bien loin des drames galactiques dont elle sort. Q Junior jette son dévolu sur Naomi et veut entrer à l'Académie. Mais le veut-il vraiment ou bien n'est-ce que échapper au destin que ses parents veulent lui réserver ? 'Mieux vaut vivre en Enfer qu'être serviteur au Paradis'...

Le Voyager-A est réquisitionné pour une mission diplomatique à l'autre bout de la galaxie : accompagner les officiers chargés des pourparlers pour l'entrée des Vidiiens, désormais guéris, dans la Fédération. Mais leurs hôtes semblent pourtant toujors cacher un lourd secret. Janeway et Chakotay, interdit d'interférer, partent quant-à eux en permission sur une planète lointaine, seuls.

Sur Vidiia, le Docteur du Voyager et Danara Pel ont été enlevés. Mais les apparences sont trompeuses et le Docteur découvre bientôt la réalité de la situation sur Vidiia. Une course contre la montre s'engage contre un fléau que l'on croyait disparu.

Après 2 jours de randonnée désastreuse en décapotable dans le désert de l'Arizona, Tom découvre à quel point les récits de balades en auto du vingtième siècle étaient romancés. Pendant ce temps, Janeway et Chakotay revivent les souvenirs merveilleux de leur première romance ensemble, leur vie commune en exil sur Nouvelle Terre, en y effectuant un pélerinage.

Lorsque l'équipage du Voyager reçoit un appel d'un vieil ami, il se met en route pour une visite pleine de souvenirs. La nouvelle famille de Neelix fête aujourd'hui le baptême de leur nouvelle fille, et certains devront se surpasser pour l'événement...

Tout l'équipage est réuni sur Terre pour les 2 ans de Miral. Pendant ce temps, l'avenir de Catherine Janeway se décide à l'Amirauté de Starfleet. Mais c'est un destin qu'elle n'est peut-être pas encore prête à accepter. C'est le moment que choisit une ultime menace sombre qui planait pour s'abattre sur l'Univers.

Janeway et Seven s'absentent dans une mission de sauvetage des Borgs non soumis à Rotor. Pendant ce temps, Chakotay, aux commandes du Voyager, mêne une bataille décisive avec l'Alliance contre Rotor, avec dans son équipage une repentie de la Section 31. Mais peu de choses séparent parfois victoire et défaite, confiance et traitrise...

Rotor semble prêt de réaliser son rêve de destruction de l'Univers : même les puissantes races du Quadrant Delta ont cédé sans le ralentir. Dans un ultime combat, le Voyager s'apprête au plus grand sacrifice pour tenter d'empêcher le Borg de mettre un terme à l'Histoire telle que nous la connaissons.

Toutes les pages d'une longue histoire sont tournées et un nouveau départ attend les acteurs d'un nouvel Univers...